ふるさと納税したのに控除されていないのはなぜ？理由や確認方法を徹底解説！

●控除されているかどうかを確認するには？

5月〜6月頃にご自身の居住自治体から送られてくる「住民税決定通知書」内”寄附金控除" または "税額控除額"の欄を見る。

●寄附の申請漏れ・書類不備で控除されていなかったら？

結論、控除の対象なら申請漏れや書類不備があっても後から申請できます。

ですが、初めから正しく申請できていれば手間も減りますよね。楽天ふるさと納税のポータルサイトではふるさと納税の申請方法についてわかりやすく解説しています。

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2023年のふるさと納税は12月31日まで！

ふるさと納税は、地方自治体への寄附で食品・雑貨・家電・旅行券などさまざまな返礼品がもらえる制度ですが、返礼品そのものがお得なわけではありません。

ふるさと納税がお得といわれるのは、寄附した金額の大半が、翌年に納める住民税・所得税から控除（還付）されるためです。

▼ふるさと納税の仕組みを動画でわかりやすく解説！

※確定申告の場合のイメージ。

住民税や所得税の控除（還付）を受けるためには、ふるさと納税の寄附申し込みとは別に、各種の申請が必要です。

控除の条件を満たしておらず申請が無効になったり、そもそも申請を忘れてしまったりすると税金の控除（還付）が受けられず、寄附したお金は原則すべて自己負担になってしまいます。

この記事では、控除されていない理由・後から申請する方法・控除されているかの確認方法などについて解説しています。

▼申請方法2パターンを比較してわかりやすく解説！

控除できていない原因のほとんどは「控除対象の条件を満たしていなかった」または「正しく申請していなかった」ことによるものなので、正しく申請できていなかった場合は期限以内にもう一度申請すれば良いだけです。

それでもやはりどこかに確認したい場合は、ご自身の自治体か寄附先の自治体の税務課に問い合わせてみましょう。

ふるさと納税で寄附した金額分は、ワンストップ特例制度を利用した場合は全額が住民税から、確定申告を利用した場合は所得税と住民税の両方から控除されます。

つまり正しく控除されているかどうか確認する際は、ワンストップは住民税の欄を、確定申告は所得税と住民税の両方の欄を確認することになります。

なおどちらの場合も、控除される税額の総額は「寄附金額の合計 - 2,000円」です。ただし1年間のふるさと納税での寄附総額が「控除上限額」を上回った場合は、自己負担が2,000円より多くなります。

▼「ワンストップ」と「確定申告」の違いが知りたい方はこちら！

※実際の所得税は令和19年まで復興特別所得税が加算され、所得税率×1.021で計算します。

▼ワンストップ特例制度の利用手順が確認できます

※実際の所得税は令和19年まで復興特別所得税が加算され、所得税率×1.021で計算します。

▼確定申告の手順についてわかりやすく解説しています

正しく控除されているかどうか確認するためには、まず1年間のふるさと納税寄附金額の合計と、ふるさと納税による住民税からの控除額を知る必要があります。さらに、確定申告で申請した方は、ふるさと納税による所得税からの控除額も必要です。

• 1年間のふるさと納税寄附金額の合計→
  各ふるさと納税サイトでの寄附履歴や、自治体から届いた受領証明書などで確認
  
  
• 住民税からの控除額→
  「住民税決定通知書」などで確認
  
  
• 所得税からの控除額（確定申告した方のみ）→
  「確定申告書の写し」で確認、または所得税率から計算

確定申告書を作成するのは寄附を行った年の翌年2～3月、住民税決定通知書等が届くのは寄附翌年5～6月なので、いずれにせよ控除が正しくされたかどうか確認できるタイミングは早くても寄附翌年の5～6月頃となります。

それらの数値が手元に用意できたら、以下の計算式で確認します。

以下の金額と、1年間のふるさと納税寄附金額合計が一致していれば正しい

・ワンストップ特例制度を利用した場合
　「住民税からの控除額 ＋ 2,000円」
　
・確定申告を利用した場合
　「住民税からの控除額 ＋ 所得税からの控除額 ＋ 2,000円」
　
※「控除額」はいずれもふるさと納税分のみの控除額。

ここからは、住民税決定通知書や確定申告書について説明していきます。

住民税決定通知書とは、その年に納める住民税の金額が決定したことを通知する書類です。「税額通知書」といった別の名称であることもありますが、ここでは住民税決定通知書に統一します。

住民税からどれだけ控除されたかは、この住民税決定通知書を見れば確認できます。一般的に、「摘要」の欄に寄附金の控除額が記載されています。市民税○○円・県民税○○円と分けて記載されている場合は、その合計額が控除額です。

「寄附金控除」など項目別の控除額が書かれておらず、医療費控除・住宅ローン控除など、他の控除を合わせた金額が書かれている場合もあります。もし他の控除の金額が分かっている場合はその金額を引くことで算出できますが、分からない場合は自治体の担当窓口に問い合わせましょう。

会社員・公務員の場合、住民税は勤務先が源泉徴収して納付するので、住民税決定通知書も5～6月頃に勤務先に送付されます。勤務先から渡されない場合は請求しましょう。稀に、会社が特別徴収（いわゆる源泉徴収）できない業態だった場合は個人に送られることもあります。

フリーランスや個人事業主の場合は、納付書とともに5～6月頃に直接送られてきます。「市民税・県民税　税額決定・納付通知書」といった名称であるのが一般的です。

もし受け取っていない場合は、個人事業主・フリーランス等の方ならお住まいの自治体の住民税担当部署に、会社員・公務員等の方なら勤務先の担当部署に問い合わせましょう。特に勤務先の場合は担当者が失念している可能性があります。

もし住民税決定通知書をなくしてしまった場合、残念ながら再発行はできません。ただし住民税決定通知書と同じ項目が記載されている「所得・課税証明書」なら代用が可能です。発行には通常、数百円程度の手数料が必要です。詳しくは自治体の担当窓口で確認しましょう。

確定申告を行った場合は、所得税と住民税の両方から控除を受けるため、住民税決定通知書に記載された住民税の控除額だけでなく、確定申告書の控えで確認できる所得税の控除額も計算に必要になります。

ふるさと納税以外に寄附金控除を利用していない場合は、確定申告書の第一表の「寄附金控除」の額がそのまま、ふるさと納税の所得税控除額になります。この際、確定申告書（第二表）に記入したふるさと納税の寄附金総額が誤っていないか確認しましょう。

なお、単に所得税の控除額を知りたいだけであれば、

（1年間のふるさと納税の寄附金総額 - 2,000円）× （所得税率＋復興特別所得税率）

で計算することもできます。税率は国税庁ホームページなどで確認できます。ただしこの方法では、確定申告書に正しい金額を記入したかどうかチェックすることができません。

一般的に、ふるさと納税などの控除で還付を受けられる（税金が戻って来る）場合、ご自身が設定した還付先の銀行口座に、確定申告書の提出から1か月～1か月半程度で還付金が振り込まれているはずです。確定申告書に記載された還付金額と、銀行の預金通帳などに書かれた振込金額が一致しているか確認しましょう。

確定申告書の控えは「開示請求」により再発行が受けられますが、請求から発行まで1ヶ月前後かかるといわれています。入手方法は税務署の窓口での受け取り、または郵送です。詳細は所轄の税務署などに確認しましょう。

改めて、計算方法を説明します。以下が一致していなければ、控除が正しく行われなかった可能性があります。

以下の金額と、1年間のふるさと納税寄附金額合計が一致していれば正しい

住民税決定通知書に控除に関する記載自体がない場合や、住宅ローン控除など他の控除は記載されているのにふるさと納税の控除額だけが1円も含まれていない場合、ふるさと納税の控除の申請そのものが無効になった可能性があります。詳しくは以下の項目をご覧ください。

「住民税の控除額（確定申告の場合は＋所得税の控除額）＋2,000円」が、1年間のふるさと納税寄附金額の合計よりも少ない場合は、自己負担が2,000円を上回っていることになり、十分な控除を受けられていない可能性・控除上限額を超えてしまった可能性があります。

「住民税の控除額（確定申告の場合は＋所得税の控除額）＋2,000円」が、1年間のふるさと納税寄附金額の合計よりも多い場合は、控除を受け過ぎていることになります。

この場合、まずは住宅ローン控除・医療費控除や他の団体への寄附金控除など、ふるさと納税以外の控除額を計算に含めてしまっていないか、よく確認してください。

それでも控除額合計+2,000円のほうが上回る場合は、以下のケースが考えられます。

• 確定申告時に、寄附金額または控除額を間違えて記入した
  
  
• ワンストップ特例制度を申請した先の自治体、または納税を行う地元自治体のどちらかが控除の計算を誤った

ワンストップ特例制度／確定申告共通

・控除上限額を超える寄附をしてしまった
　
・控除上限額の計算で他の控除を考慮せず、高めに見積もっていた
　
・年収（課税所得）がない・ごく少額の方がふるさと納税を行った
　
・寄附申し込み時、クレジットカードの引き落とし口座名義と控除申請者の氏名が違っていた
　
・年末ギリギリに行った寄附が、翌年の寄附分としてカウントされた
　
・ワンストップ特例制度の手続きも、確定申告の手続きも、どちらもし忘れた

ワンストップ特例制度の場合

・ワンストップ特例制度の使用条件から外れたのに、確定申告をしなかった
　※寄附先が6自治体以上→確定申告が必要
　※ふるさと納税以外に確定申告すべき条件がある→ふるさと納税も確定申告でする
　
・ワンストップ特例制度の申請書を送付した後、確定申告を行い、そこにふるさと納税の控除を含めなかった
　
・ワンストップ特例制度の申請書送付後、住民票記載の住所または氏名を変更したのに「申請事項変更届出書」を出さなかった
　
・ワンストップ特例制度の申請書に不備があった
　
・申請し忘れた
　
・申請書が期限内に送り先に届かなかった

確定申告の場合

・確定申告時に、寄附金額または控除額を間違えて記入したり、記入し忘れた分があった
　
・確定申告そのものが正しく受理されなかった

最も多く考えられるケースは「控除上限額」をよく確認せず、うっかり超えてしまう場合です（控除上限額はサイトによって「限度額」など別の呼び名をされていることもあります）。ふるさと納税の控除が適用されるのは控除上限額までで、超えた分に対しては適用されません。

ふるさと納税の控除上限額は、その寄附を行った年の年収と、家族構成などを基準に決められます。多くのふるさと納税ポータルサイトが控除上限額の目安が算出できるシミュレーターを用意していますので、寄附を行う前にあらかじめ控除上限額を確認しておくのが大切です。

ふるさと納税の控除は、医療費控除など他の控除とも併用できますが、どちらも税金から控除されるシステムなので、医療費控除の額によってはふるさと納税の控除上限額が下がる場合があります。

もし医療費控除を計算せずにふるさと納税の控除上限額を算出していた場合、その上限額から「医療費控除として申告する額の2％」を引いた金額が、正しいふるさと納税の控除上限額の目安となります。

他にも、ふるさと納税の正確な控除上限額を出すには住宅ローン控除や生命保険控除なども計算する必要があります。それらを加味できる詳細なシミュレーターを用意しているサイトもありますので、計算に入れていなかった場合は改めて計算してみましょう。

その年の課税所得がまったくなく、控除すべき所得税・住民税がそもそも無い方は、ふるさと納税の控除の対象になりません。学生・専業主婦（主夫）で収入がない方、家族の扶養の範囲内で働いている方や、個人事業主で赤字で申告した方などが該当する可能性があります。

また所得がごく少額の方は、他の控除との兼ね合いなどで控除上限額が0になる場合があります。

ふるさと納税はネット上のふるさと納税ポータルサイトから、クレジットカード決済で行うのが主流ですが、クレジットカードの引き落とし口座名義が、控除の申請者本人と違っている場合、控除は受けられません。税金の控除は、寄附金を支払った本人だけが受けられる制度だからです。

具体的には「夫（妻）名義のふるさと納税を、妻（夫）名義のクレジットカードで決済してしまう」というケースが最も考えられます。なお、カード自体が本人以外名義でも、そのカードの引き落とし口座が本人名義であれば原則、申請は認められると考えられます。

【対処法】

原則的に、一度行った寄附は通常キャンセルできません。その寄附は控除を受けられなくなります（寄附直後であれば、場合によってキャンセルを受け付けてくれる自治体もごく一部ありますが、住民税が確定した後の時期ではそれも困難と考えられます。詳しくは寄附先の自治体にお問い合わせください）。

ふるさと納税の寄附は、1/1～12/31までの1年分を区切りとして計算されますが、寄附の申し込みが年末であっても、寄附の納付日（自治体側で入金を確認できるタイミング）が年明けにずれ込んだ場合、その寄附は新しい年の分としてカウントされます。

なるべく年末ギリギリの寄附は避け、仮に行った場合は「どちらの年の分としてカウントされたか」を寄附直後によく確認しましょう。また自治体によっては12月31日より前に、その年の寄附の締め切りを設定している場合もあります。

【対処法】

翌年分としてカウントされてしまった場合は、基本的には翌年分のふるさと納税として控除を申請するしかありません。

提出・申請のし忘れはもちろん、「ふるさと納税は寄附の申し込みだけでいい」と勘違いしてしまって、その後に行う税額控除のための手続きを知らずにいた方もいるかもしれません。その場合は控除は受けられません。

【対処法】

5年以内なら更正の請求・修正申告が可能です。後の項目で解説します。

ワンストップ特例制度が使える条件

① 1年間の寄附先の自治体数が5以下である
　→6以上なら確定申告で
　
② ふるさと納税以外に確定申告が必要になる条件がない
　→他で確定申告が必要なら、ふるさと納税も確定申告で

ワンストップ特例制度は、寄附先の自治体に直接申請書を送ることで控除の手続きが完結し、確定申告が不要になる制度です。ただし適用には上記2つの条件があり、これらを満たさない場合はふるさと納税の控除は確定申告で受けることになります。

①に関しては、仮に5自治体目までワンストップ特例の申請書を出し続けていたとしても、年の途中に6自治体に達した場合は、それまで行った分の申請も無効になり、改めて全部の分を確定申告する必要があります。

②に関しては、会社員や公務員など源泉徴収・年末調整の対象で、確定申告の必要がないことが前提で、なおかつ医療費控除など確定申告の項目が他にないことが条件です。自営業・フリーランスなど、そもそも確定申告が必須の方はこの条件に当てはまりません。

【対処法】

5年以内なら更正の請求・修正申告が可能です。後の項目で解説します。

ワンストップ特例制度と確定申告は併用できません。1年度の間に両方を行った場合、確定申告が優先され、ワンストップ特例の申請は無効になります。

初めは確定申告をしない予定でワンストップ特例の申請をして、年の途中で何らかの理由で確定申告が必要になり、確定申告を行った場合などは、「ワンストップ特例の申請は済んでるから確定申告には書かなくて大丈夫」と勘違いしないようにしましょう。

【対処法】

5年以内なら更正の請求・修正申告が可能です。後の項目で解説します。

ワンストップ特例の申請書を送った後、その年のうちに、引っ越しによって住む自治体が変わったり、結婚などで氏名が変わった場合、その年のその時点までにワンストップ特例の申請書を送ったすべての自治体宛てに「申請事項変更届出書」を出す必要があります。

たとえば、1月から11月までに5自治体に寄附・ワンストップ特例の申請を行い、12月に住所・氏名を変更した場合は、寄附を行った5自治体すべてに「申請事項変更届出書」を出さなければなりません。

ただし上述の通り、確定申告を行えばワンストップ特例の申請は無効になりますので、確定申告でも代用が可能です。また確定申告期間も過ぎてしまった場合は、5年以内に更正の請求・修正申告を行うことで改めて控除の申請ができます。

【対処法】

5年以内なら更正の請求・修正申告が可能です。後の項目で解説します。

ワンストップ特例制度の申請書の記入内容に不備があれば、申請は通りません。

【対処法】

5年以内なら更正の請求・修正申告が可能です。後の項目で解説します。

ワンストップ特例の申請書は、寄附のたびに提出する必要があります。1自治体に複数回寄附した場合でも、回数分だけ申請書を書く必要があります（ただし1自治体宛ての複数の申請書を、1つの封筒にまとめて送ることはできます）。

【対処法】

5年以内なら更正の請求・修正申告が可能です。後の項目で解説します。

ワンストップ特例の申請書の提出期限は、寄附を行った年の翌年1月10日（郵送の場合は当日必着）です。特に年末年始は年賀状などで郵便業務がひっ迫するため、ギリギリの提出はあまりおすすめできません。もし心当たりがある場合は、送付先の自治体に確認しましょう。

確定申告書の写しを用意して、すべての寄附の分について正しく記入されているか確認しましょう。特に寄附先の自治体が多い方の場合、確定申告の際に1つ2つ記入漏れしてしまうミスは十分あり得ます。

また、年の途中までワンストップ特例の申請を行っていて、何らかの理由で確定申告に切り替えた場合、ワンストップ特例の申請を行った分も確定申告に含める必要があります。ワンストップ特例の申請と確定申告を両方行うと、確定申告が優先され、ワンストップ特例の申請はすべて無効になります。

【対処法】

5年以内なら更正の請求・修正申告が可能です。後の項目で解説します。

確定申告書の記入内容などに不備があったり、提出を忘れたりした場合、確定申告そのものが正しく受理されず、適用されるはずだった控除が適用されない可能性があり得ます。

【対処法】

原則的に、提出した確定申告書に不備があった場合は、税務署から電話かハガキで連絡が来るはずです。まずはその連絡をうっかり見過ごしてしまっていないか確認し、必要であれば税務署の担当窓口に相談しましょう。

源泉徴収を受けていない自営業・フリーランス等の方で、確定申告提出自体を忘れていた場合は「期限後申告」を行います。その場合、ペナルティとして延滞税などが課されます。

まずは上の項目の各要因をチェックし、記入漏れ・申請漏れ・ワンストップ特例の申請無効といった対処可能なケースであれば、5年以内なら税務署（または国税庁の「e-TAX」）に更正の請求・修正申告を行えば控除を受けられる可能性が高いです。

所得税は国の機関である税務署が、住民税は各自治体が管轄していますが、どちらの控除内容を訂正する場合でも、更正の請求・修正申告は税務署（または国税庁の「e-TAX」）に行います。

「更正の請求」は納め過ぎた税金を戻してもらったり、控除されていない分を控除してもらったりするための請求で、反対に「修正申告」は納め足りなかった分を申告するものです。ふるさと納税の控除が十分受けられなかった場合に行うのは「更正の請求」です。

更正の請求・修正申告の期限は「法定申告期限から5年以内」、つまり寄附を行った年の5年後の確定申告期限（原則3月15日まで）です。もし過去5年間に行ったふるさと納税で他にも心配な点があるなら、一度すべて見直してみましょう。

更正の請求・修正申告は税務署に行います。方法は、所定の記入書類や添付書類を揃えて、税務署の窓口に提出・税務署に郵送するか、e-Taxで電子申請を行う方法のいずれかです。詳しくは国税庁ホームページで確認するか、所轄の税務署の窓口で相談しましょう。

e-TAX「確定申告作成コーナー」でふるさと納税の控除を申請する際、一部のケースでは「寄附金控除」または「政党等寄附金等特別控除」の片方が0円になることがあります。この場合、国税庁では「手書きで申告書等を作成して提出」するよう求めています。

詳細は以下の国税庁ホームページをご覧ください。